在一个阳光明媚的日子里，杨村正在举行防御系统的揭幕仪式，这是慢杨洋村长的最新发明。这个系统可以抵抗几千伏的电压。谁知，就在这时，灰太狼突然出现，挑起事端。不久前，他发明了羊肉罐头，从而成为当今最炙手可热的科学家。但是，没能抓到小羊，依然是他心里隐隐的痛。灰太狼操纵天气控制器，与羊羊特种兵展开生死搏斗。受伤的喜羊羊意外遇到了熊猫王采，而对方的真实身份是一条早已灭绝的蛇。大灰狼沮丧之余集中精力升级天气控制器，却忽略了妻子和Grey的感受，他的失误也导致了天气控制器失控。危难之际，青青草原的各位偶然发现了很久以前蛇族发明的诺亚神州。但是，为了启动神舟，我们必须得到蛇族的帮助。为此，特勤组和机械喜羊羊踏上了危险而不可预知的冒险旅程...本片是《喜羊羊与灰太狼》系列的第五部剧场版动画。