延续上一季的剧情，原来是穆德被骗了，在及时发现错误后，与史卡利合谋欺骗政府高层，从而潜入一个“一个普通FBI特工不该进入”的地方，搜集所需信息。这一季越来越精彩，一些没有被彻底改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史高丽被绑架时子宫被切除，但今年她的孩子艾米丽出现了。今年制作组甚至找了两位著名的科幻作家来写和客串写了两集剧本。今年还有一集喜剧。为了配合电影的上映，整个X档案增加了一些人物和内容，“辛迪加”的阴谋越来越明显，穆德再次接近真相。穆德前女友的出现也对穆德和史卡利的关系做了很大的考验。当吸烟者烧掉所有X档案时，这个季节就结束了。