海底纵队是一群活跃在海底的小冒险家。小纵队集结了皮博士(企鹅)、生物学家谢(海獭)、摄像师大西西(腊肠犬)、机械工程师图图(兔子)、小队中尉Ku(小猫)等七名伙伴，在核心成员巴克队长(北极熊)的带领下，继续向未知海域探索前进。在本片的探索过程中，一座火山突然爆发，一下子唤醒了太平洋海底由数百座火山组成的“火环”。这一突发事件迅速演变成一场全球性的大灾难。即将爆发的火山群集体威胁着被海啸冲上岸的开普岛鲸鱼，生活在火山岛的带帽企鹅，小纵队维修站的设备，海洋农场植物物种下的食物……更不用说常年生活在火山口的动植物了！海底纵队的成员必须在太平洋上分头行动，分秒必争地帮助那些生活在火山周围的奇特海洋生物。