炼金术是一门基于等价交换原理的科学，通过对物质的理解、分解和重构，将一件物品变成另一件物品。但是，如此先进的技术是人体无法提炼的，这是炼丹术的绝对禁忌。而爱德华(罗米·帕克配音)和阿方斯(巩俐配音)这对炼金术天赋极高的兄弟，却因为对母亲的极度思念而不惜犯忌讳。最终，爱德华失去了一只胳膊和一条腿，他的弟弟阿方斯只能将自己的灵魂附在一件巨大的盔甲上。最终明白了一切的两兄弟，为了恢复原状，寻求更多的炼丹知识，成为民族炼金术士，踏上了寻找终极炼丹对象——贤者之石的旅程。通过不断的探索，两兄弟终于发现了贤者石背后的真相，对这个军事化的国家有了更深入的了解。此时，面对国家、民族和家庭...炼金术的未来在哪里？