故事发生在日本江户时代。一名神秘男子出现在武士桂小太郎(石田彰配音)面前。他拿着妖刀“红樱”，要求试一试。当晚之后，桂下落不明。鬼的宠物伊丽莎白(高松信司饰)找到万寿楼的申乐(钉宫理惠饰)和辛巴(坂口大助饰)，并委托他们寻找主人的下落。与此同时，印石(杉田智和)也受托寻找到处作恶的红樱的下落。三人的线索聚集在一架空中飞艇上，飞艇里的恶势力因为远离警方的管辖范围而称霸天空。在那里，印石遇到了他以前的战友，现在的对手高山晋辅(子安武人配音)，他正带领自己的幽灵战士试图摧毁江户。一边是恶毒的恐怖分子，一边是残忍嗜血的魔刀红樱。身负重伤的尹能否安全脱险，拯救江户？此剧场版重现了银魂动画中的红樱，其中原著中没有出现的真选团也将在故事中大显身手。