地球物理学家Yukio Tansuo博士(小林桂树)带领他的团队进行深海科学研究，但在海底发现了异常的裂缝和泥石流。经过一系列的调查，他得出结论，日本列岛将在一年内沉没。然而，日本政府官员认为，坦索博士的预测只是一个令人难以置信的谎言。只有山本首相(石坂浩二饰)意识到了事态的严重性，并任命谭所之前妻吉森沙治(大地真央饰)为危机管理大臣，带领谭所之博士和他们的团队试图拯救日本。很快，从北海道开始，日本诸岛发生了大规模的地质灾害，整个日本陷入了恐慌。政府对灾难不知所措，仅有的海外移民政策无法应对迅速恶化的局势，日本列岛彻底沉没的现实即将上演。最终，田中博士和他的团队成员终于找到了拯救日本的方法，但这种方法的实际操作却困难重重...本片改编自日本科幻作家小松佐纪的同名畅销小说，耗资20亿日元，是近年来日本电影界最大的灾难片。