在袭击世界的大灾难的“第二次冲击”之后，世界在废墟上重建。14岁的男孩Shinji Ikari被他的父亲钱叫到东京第三新城。他以为可以见到父亲，却看到一个名为“使徒”的巨大生物在和军队战斗。在危急的情况下，NERV特工处的葛城美里救出了真嗣，并把他带到了NERV的总部。然而迎接真嗣的却是父亲冰冷的命令:驾驶一个名为“伊娃”的巨大人形机器人与使徒们战斗。本来已经拒绝的真嗣，在看到严重受伤的候补司机绫波丽后，决定服从父亲的命令。就这样，从未接受过战斗训练的真嗣准备驾驶长荣号角去面对使徒们。世界的命运托付给了一个14岁的男孩，“二次冲击”隐藏的“人类完成计划”似乎已经开始行动了。拥有一切答案的钱只是平静地看着，仿佛一切都早已写进剧本。