扣人心弦的“血腥星期二”的第二部分再次席卷而来。天才黑客高木丸(三浦春马)这次会遇到什么棘手的问题？在第一部电影的结尾，藤丸和他的朋友们力挽狂澜，阻止了病毒危机。这一次，他们面对的是一个更可怕的核弹恐怖计划。病毒危机结束两年后，藤丸决定再也不碰电脑，但他仍然无法组织自己和朋友九阴密(Takeru Satoh饰)和高木瑶(川岛海荷饰)参与到新的计划中来。载着核弹的飞机正在一点一点接近东京，但东京的人民却毫无察觉。为了避免东京受到核弹的重创，藤丸和银美不得不继续战斗。除了他们的老对手，他们还要面对许多新人，如佛哈拉·玛雅(吉濑美智子饰演)和神七·云润(成宫宽贵饰演)。结果是什么？