《仁医2》的结局延续了之前的剧情，历史依旧在既定的方向上有条不紊的前行，更多为人熟知的历史人物悉数出现。南仁(大泽隆夫)在江户时代作为医生幸存下来，义光仁佑堂也步入正轨。一天，他得知母亲(绫濑遥)有脚气，当时流行脚气，决定制作并推广能治病的零食。与此同时，坂本龙马(内野圣阳饰)出现在任面前，向他寻求帮助。任带着龙马来到京都治疗赢得海船的师父佐佐木香山，却从觉醒的后者那里得知了一个惊人的故事...禁门之变后，京都满目疮痍，为救人而出走的任被新写作组带到三藩市救治。自那以后，坂本龙马(Ryoma Sakamoto)在西乡隆盛和常州之间牵线搭桥。在经历了幕末日本局势的突变后，任对自己的时代意义有了全新的认识。在不久的将来，他将与寻找新生活的叶枫(中谷美纪饰)再次相遇，而围绕他们在上一篇文章中的谜团将被一一解开。