在回娘家扫墓的路上，信二(由绪方惠美配音)和三户胜城(由小野光志配音)遭到了第七使徒的袭击。在关键时刻，2号飞机像一根竹子一样击败了对手，信二结识了2号飞机的操纵者博明日香朗利(段丽阳宫村配音)。与沉默寡言的绫波丽(由林原惠美配音)不同，明日香自信甚至傲慢。在和信治相处的日子里，他和对方开了很多玩笑。他们三个分别开着0号，2号，2号，抵挡住了第八使徒的猛烈进攻。在这个过程中，淡淡的感情在这三对青年男女的心中悄然萌发。不久之后，第九和第十使徒相继到来，真嗣面临着生与死的残酷考验...本片是新剧场版《福音战士》的第二部。